Кандидат филологических наук, заведующий отделом редких книг и рукописей ГПНТБ СО РАН, специалист в области истории древнерусской литературы, текстологии и археографии, организатор и участник комплексных фольклорно-археографических экспедиций на территории Сибири и Дальнего Востока. Основные направления научной деятельности А.Ю. Бородихина: археография и источниковедение, проблемы истории книги, хранения и использования памятников литературы и искусства, старообрядческой книжности, текстологическое изучение русского летописания и произведений исторического характера. Автор монографических исследований, посвященных судьбам древнерусской книжности в современной Сибири, им опубликовано более 100 работ, вышедших в свет в России и за рубежом.

Преподаватель Гуманитарного института Новосибирского государственного университета (курсы «Палеография и текстология», «Древнерусская литература», спецкурсы по современным технологиям издания книжных памятников), постоянный руководитель студенческих групп на фольклорной и археографической практике студентов-филологов.

Входит в состав редакционной коллегии сборника научных трудов «Книжная старина», редакционного совета журнала «Библиосфера», научный редактор каталогов и монографий, выпускающихся ГПНТБ СО РАН в книжных сериях «Материалы к Сводному каталогу рукописей, старопечатных и редких книг в собраниях Сибири и Дальнего Востока», «Книга и литература».

Эксперт по культурным ценностям Министерства культуры РФ, член постоянного комитета секции по особо ценным рукописным документам и редким книгам Российской библиотечной ассоциации, удостоен звания «Заслуженный работник культуры Российской Федерации».